بر خلاف پرونده اختلاس بزرگ دو دوره ریاست جمهوری محمود احمدی نژاد که از اصولگرایان به شمار می‌آید، علی خامنه‌ای این بار خواستار برخورد با متخلفان پرونده حقوق‌های نامتعارف شده است.
علی خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی ایران، چهارشنبه ۶ ژولای مساله حقوق‌های نامتعارف را «خیانت به آرمان‌های اسلامی» توصیف کرد و خواستار برکناری و مجازات متخلفان در این زمینه شده است.
به گزارش خبرگزاری‌های ایران، خامنه‌ای امروز چهارشنبه در خطبه‌ نماز عید فطر، به موضوع جنجال برانگیز حقوق‌های نامتعارف اشاره کرد و آن را «برداشت‌های غیر منصفانه و ظالمانه از بیت‌الملل» توصیف کرد و «گناه و نامشروع» دانست.
رهبر جمهوری اسلامی ایران با تاکید بر پیرگرد و برخورد قاطع با این پدیده گفت: «باید دریافت‌های نامشروع بازگردانده شود و افرادی که مرتکب بی‌قانونی شده‌اند، مجازات و افرادی هم که از قانون سوءاستفاده کرده‌اند، برکنار شوند، زیرا آنان لیاقت حضور در مراکز و مسئولیت‌ها را ندارند».
این موضع علی خامنه‌ای در برابر دولتی گرفته می‌شود که به «میانه‌روی» شهرت دارد، اما اصولگرایان دل خوشی از آن ندارند به ویژه این که حسن روحانی رئیس جمهوری ایران در انتخابات از حمایت اصلاح طلبان برخوردار بود.
مساله فاش کردن فیش‌های حقوقی مدیران دولتی نیز توسط رسانه‌های عمدتا اصولگرا ادامه یافت و این مساله، به مساله‌ای ملی تبدیل شد که تیترهای نخست روزنامه‌های ایران را به خود اختصاص داد.
در آخرین تاثیر فاش کردن این فیش‌ها، مدیرعامل و هیئت مدیره صندوق توسعه ملی، مجبور به استعفا شدند.
پیش از آن مدیران چهار بانک رفاه، ملت، صادرات و قرض‌الحسنه مهر، به دلیل دریافت حقوق‌ها و وام‌های نامتعارف، برکنار شدند.
پیش از این هم به دنبال فاش شدن فیش‌های حقوقی شماری دیگر ازمدیران دولتی که ارقام نامتعارف به عنوان حقوق ماهیانه دریافت می‌کرده‌اند، رئیس بیمه مرکزی استعفا کرد و رئیس بیمه ایران، برکنار شده بود.
حسن روحانی رئیس جمهوری ایران از معاونش اسحاق جهانگیری خواست، تحقیقات خودرا درباره پرونده حقوق نجونی مدیران دولتی آغاز کند.
روحانی در فرمانی که برای جهانگیری نوشته، سعی کرده مساله حقوق‌های نجومی را به دولت محمود احمدی نژاد رئیس جمهوری پیشین ایران منتسب کند. در فرمان روحانی آمده است: «ممکن است با مقررات به‌جا مانده از دوره‌های قبل توجیه‌پذیر باشد، ولی با موازین عدالت و تعهد در قبال بیت‌المال و منشور اخلاقی دولت ناسازگار و غیرقابل قبول است و حتی در برخی موارد مصداق سوء استفاده از اعتماد دولت به‌ شمار می‌رود».
به هر حال موضع خامنه‌ای در برابر دولتی که به ویژه در ماه‌های اخیر انتقادهایش از آن بیشتر شده، با موضعش در برابر بزرگترین اختلاس در نظام بانکی ایران که در دولت احمدی نژاد روی داده بود، متفاوت است.
در ارتباط با پرونده اختلاس سه هزار میلیارد تومانی در بانک‌های ایران، علی خامنه‌ای با بیان اینکه رسانه‌ها «نباید این قضیه را کش دهند» گفته بود که «عده‌ای می‌خواهند از این حوادث برای زدن توی سر مسئولین سوءاستفاده کنند.»
در پرونده بزرگ‌ترین اختلاس تاریخ ایران که رقم آن به سه هزار میلیارد تومان می‌رسد هشت بانک بزرگ دولتی و خصوصی به شکل مستقیم و غیر مستقیم درگیر بوده‌اند و بانک صادرات و ملی بیشترین زیان را در این زمینه متحمل شده‌اند.
علی خامنه‌ای در دیدار با دست‌اندرکاران حج درباره این اختلاس بزرگ گفته بود: «نباید این قضیه را کش دهند، بگذارید مسئولان کارشان را دنبال کنند و با دقت کار کنند. مردم هم بدانند این چیز‌ها دنبال می‌شود، دست‌ها قطع می‌شود، مسئولان قوه قضائیه هم خبر رسانی کنند.»
رهبر جمهوری اسلامی تاکید کرده بود: «رسانه‌ها بیش از این نباید به جنجال و هیاهو درباره این ماجرا ادامه دهند، بلکه باید به مسئولان اجازه دهند تا عاقلانه، مدبرانه، قوی و با دقت قضایا را پیگیری و بررسی کنند.»
وی گفته بود که «ادامه هیاهو و جنجال» بر سر این پرونده «به صلاح نیست و همه باید مراقب باشند.»
پرونده «اختلاس سه هزار میلیارد تومانی» مربوط به اتهامات فردی به نام «مه‌آفرید امیر خسروی» صاحب مجموعه «گروه امیر منصور آریا» است که حکم اعدام او از سوی دستگاه قضایی ایران صادر و اجرا شد.
بر اساس گزارش‌های منتشر شده، این فرد توانسته‌ بود از طریق روابط خاص خود با بانک صادرات و بانک ملی ایران به گشایش اسناد اعتباری به مبلغ صد‌ها میلیارد تومان اقدام کند، بدون آنکه تمام یا دست کم بخش عمده‌ای از وجه این اعتبارنامه‌ها را پرداخته باشد.
در پیوند با این اختلاس، کمیته منتخب دولت مدیر عامل‌های بانک‌ صادرات و سامان، بانک گردشگری و همچنین یک عضو هیئت مدیره بانک ملی را از سمت‌های خود برکنار کرد.
محمود رضا خاوری، مدیر عامل مستعفی بانک ملی، که گفته می‌شود به دلیل بزرگ‌ترین «اختلاس تاریخ بانکداری کشور» از ایران گریخته، هم‌اکنون در خانه‌ای سه میلیون دلاری در تورنتوی کانادا سکونت دارد.