علی خامنه‌ای رهبر ایران در پاسخ به نامه روحانی در خصوص سرانجام مذاکرات هسته‌ای، با ابراز خرسندی از نتیجه دادن آن‌چه «مقاومت ملت ایران در برابر تحریم‌ها» نامید، از روحانی و دولت خواست به پنج نکته دقت ویژه کنند.
به نوشته رهبر ایران «مراقبت شود که طرف مقابل تعهدات خود را به طور کامل انجام دهد. اظهارات برخی از سیاستمداران امریکائی در این دو سه روز کاملاً موجب بدگمانی است».
خامنه‌ای خواستار توجه به مسائل اقتصادی هم شده و نوشته است: «به همه مسئولان دولتی تذکر داده شود که حلّ مشکلات اقتصادی کشور در گرو تلاش بی‌وقفه و خردمندانه در همهٔ بخش‌ها در جهت اقتصاد مقاومتی است و رفع تحریم‌ها به تنهائی برای گشایش در اقتصاد کشور و معیشت مردم کافی نیست».
رهبر ایران، دست یابی به توافق هسته‌ای را هزینه بر توصیف کرده و افزوده است: «در تبلیغات توجه شود که در برابر آنچه در این معامله به دست آمده، هزینه‌های سنگینی پرداخت شده است. نوشته‌ها و گفته هائی که سعی می‌کنند این حقیقت را نادیده گرفته و خود را ممنون طرف غربی وانمود کنند با افکار عمومی ملت، صادقانه رفتار نمی‌کنند».
به عنوان نکته چهارم، خامنه‌ای مدعی شده است: «همین اندازه دستاورد نیز در برابر جبههٔ استکبار و زورگو، بر اثر مقاومت و ایستادگی به دست آمده است. این را باید همه ما درسی بزرگ برای همهٔ قضایا و حوادث در جمهوری اسلامی بدانیم».
پنجمین نکته خامنه‌ای تاکید بر ادامه دشمنی با آمریکا است که در آن نوشته است: «بار دیگر تأکید می‌کنم که از خدعه و نقض عهد دولت‌های مستکبر بویژه امریکا در این مسأله و دیگر مسائل غفلت نشود».
شامگاه شنبه ۱۶ ژانویه، آغاز اجرای توافق هسته‌ای میان ایران و گروه ۱+۵ اعلام شد و به آغاز مرحله‌ای پایان دادن به تحریم‌های گسترده بین‌المللی نیز رقم خورد و عملکرد جمهوری اسلامی ایران با نظارت آژانس بین‌المللی انرژی اتمی راست‌آزمایی خواهد شد.
بر پایه این توافق، در برابر محدود شدن فعالیت‌های هسته‌ای ایران، تحریم‌های اعمال شده علیه این کشور به خاطر این فعالیت‌ها، به تدریج لغو می‌شود. آمریکا، بریتانیا، فرانسه، روسیه و چین، پنج کشور عضو شورای امنیت سازمان ملل متحد به علاوه آلمان، طرف‌های مذاکره ایران بودند.