توافق هسته‌ای ایران با غرب به مرحله اجرا در آمد، اما این بدان معنی نیست که نگرانی‌های بین‌المللی درباره برنامه هسته‌ای تهران، به طور کامل از میان رفته است. ایران به توسعه برخی تکنولوژی‌های نظامی ادامه داد. یکی از این تکنولوژی‌ها، موشک‌های بالستیک است که ممکن است روزی در راستای افزایش توانایی‌های هسته‌ای از آن استفاده شود. همچنین فعالیت‌های ایران در برخی از پایگاه‌های نظامی در سراسر کشور، سری باقی ماند.
به گزارش سایت تحلیلی stratfor.com تصاویر ماهواره‌ای نشان از ویژگی رفتار دوگانه ایران در فعالیت‌های هسته‌ای‌اش در طول دوره مذاکرات با غرب دارد. تصاویر به دست آمده از مجتمع نظامی پارچین در نزدیکی تهران که به طور پی در پی از ژوئیه ۲۰۱۰ تا ژانویه ۲۰۱۶ گرفته شده، نشان از فعالیت‌هایی داد که به احتمال زیاد ایران در پی آن در صدد پنهان کردنشان هنگام مذاکرات هسته‌ای بود. ایران همچنین پایگاهی زیرزمینی در مجتمع پارچین ایجاد کرده که ممکن است سری باشد و از آن برای تحقیقات افزایش توان تسلیحاتی استفاده کند.
مجتمع نظامی پارچین از مدتها پیش از عوامل بحث و جدل در سیر مذاکرات هسته‌ای بود. ایران به طور مستمر وقوع هرگونه فعالیت‌های مرتبط با تسلیحات اتمی را در این مجتمع رد و تاکید کرد که فعالیت‌های هسته‌اش در دیگر نیروگاه‌های هسته‌ای مورد بحث و تنها در زمینه غنی سازی اورانیوم صورت گرفته است. ایران تاکید می‌کند که فعالیت‌های مجتمع پارچین تنها در زمینه توسعه صنعت موشکی است.
اما بسیاری از ناظران مستقل می‌گویند ایران در مجتمع نظامی پارچین، «انفجاری کروی»‌ را آموزش کرد که معمولا آغازی است برای ترکیب فعالیت‌های هسته‌ای و تسلیحاتی یا به عبارتی، ساخت اسلحه اتمی است. با توجه به فعالیت‌های گسترده‌ای که در سال ۲۰۱۲ در مجتمع روی داد، این فرضیه‌ها معقول به نظر می‌رسد.
تصاویر ماهواره‌ای به وضوح نشان می‌دهد که ایران از سال ۲۰۱۲، پاکسازی مجتمع پارچین را آغاز کرد؛ سالی که مذاکرات با غرب به صورت گسترده‌تری آغاز شد. در این فعالیت‌ها، از مجتمع پارچین خاک برداری شد و حتی برگ‌های درختان کنده شده؛ موادی که می‌تواند حامل نشانه‌هایی از فعالیت‌های هسته‌ای در صورت بازدید بازرسان آژانس بین‌المللی انرژی اتمی از مجتمع باشد. همچنین بخش‌های وسیعی از مجتمع پارچین با بلوک‌های سیمانی پوشانده شد. بازرسان آژانس بین‌المللی انرژی اتمی سپتامبر ۲۰۱۵ از مجتمع پارچین دیدن کردند اما با اصرار تهران، کارشناسان ایرانی به جای بازرسان آژانس، از مجتمع نمونه برداری کردند. با این وجود آژانس اصرار دارد که این نمونه برداری با نظارت شدید بازرسان صورت گرفت. آژانس اعلام کرد که هیچ دلایلی علیه ایران در بازدید از مجتمع پارچین نیافته است که احتمالا به تغییرات صورت گرفته در این مجتمع باز می‌گردد. آژانس پس از آن در گزارشی درباره فعالیت‌های هسته‌ای ایران اعلام کرد که تهران احتمالا بخش جدیدی را در پایگاه نظامی پارچین اضافه کرده است.
همزمان، ایران به توسعه پایگاه‌هایی زیرزمینی در مجتمع پارچین ادامه داد، پایگاه‌هایی که بازرسان در بازدید از پارچین به آن‌ها نرفتند. ایران در زمینه توسعه تسلیحاتی، به پایگاه‌های زیرزمینی بسیار تکیه می‌کند. این کشور همچنان حاوی پایگاه‌های نظامی مخفی است که باعث تشکیک در پایبندی بلندمدت ایران به توافق هسته‌ای می‌شود.